ქართული მედიცინის ისტორიის მუზეუმი 1963 წელს შეიქმნა პროფესორ მიხეილ  შენგელიას ინიციატივით  და იმდროინდელი ქართული სამედიცინო საზოგადოების აქტიური მხარდაჭერით. ის ყოფილ საბჭოთა კავშირში, როგორც ეროვნული მედიცინის ისტორიის მუზეუმი, პირველი იყო და მალე იპოვა მიმდევრები სხვა, ე.წ. მოკავშირე რესპუბლიკებში. მუზეუმი თავიდან XIII საუკუნის “ლურჯ მონასტერში” განთავსდა, რომელიც ქვეყნის მიერ დამოუკიდებლობის მოპოვების შემდეგ, განადგურებას გადარჩენილი, საქართველოს მართლმადიდებელ ეკლესიას დაუბრუნდა.  მუზეუმს კი ყოფილი მიხეილის საავადმყოფოს კომპლექსში, 1872 წელს საფერშლო სკოლისთვის აგებული შენობა გადაეცა. ეს უკანასკნელი კულტურული მემკვიდრების ძეგლს წარმოადგენს.

მუზეუმის არქივებსა და ფონდებში დაცულია უნიკალური ისტორიული ღირებულების მასალა (19,000-მდე საექსპოზიციო ერთეული) , ხელოვნების ნიმუშები (ლ. გუდიაშვილის, უ. ჯაფარიძის, თ. მირზაშვილის და სხვ. ნახატები, ქანდაკებები),სამედიცინო ხელნაწერები, არქეოლოგიური არტეფაქტები,  ფოტოკოლექცია, გამოჩენილ ქართველ მედიკოსთა პირადი არქივები,  რარიტეტული სამედიცინო ხელსაწყოები და აპარატურა. განსაკუთრებით აღსანიშნავია არქეოლოგიური ოსტეოლოგიური მასალის კოლექცია – ოსტეოთეკა, რომელიც რამდენიმე ასეული ერთეულისგან შედგება და ინტენსიური კვლევის (ანთროპოლოგიური, პალეოპათოლოგიური, გენეტიკური და ქიმიური) ობიექტია.

ფონდებში დაცული ექსპონატების მნიშვნელოვანი ნაწილი მოპოვებულია საქართველოს ყველა კუთხეში მოწყობილი ორმოცამდე სამეცნიერო ექსპედიციის შედეგად. ეს არის ქართული ხალხური მედიცინის უნიკალური მასალა: ათიათასობით რეცეპტი და ასეულობით მცენარეული, ცხოველური და მინერალური წარმოშობის კომპონენტი, ჰერბარიუმები. მასალა სისტემტიზებულია დაავადებებისა და რეგიონების მიხედვით, შესწავლილია მეცნიერულად და მოწოდებულია თანამედროვე მედიცინაში გამოყენების შესაძლებლობები.

მუზეუმი წარმოადგენს სასწავლო-სამეცნიერო ბაზას თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო უნივერსიტეტის და სხვა უმაღლესი სასწავლებლების სტუდენტებისათვის, საინფორმაციო და რესურს-ცენტრს ახალგაზრდა სპეციალისტებისათვის, ტურისტებისა და პოტენციური პარტნიორისთვის.

მუზეუმის თანამშრომლების მიერ განვლილი პერიოდის მანძილზე შექმნილია ათასზე მეტ სამეცნიერო ნაშრომი, მათ შორის სამოცამდე მონოგრაფია. აღიწერა და კატალოგის სახით გამოიცა ხუთასზე მეტი სამედიცინო ხასიათის  ხელნაწერი, რაც  საერთაშორისო მასშტაბით უნიკალური მოვლენაა.

მუზეუმის ბიბლიოთეკაში დაცულია ქართველი და უცხოელი ავტორების სამედიცინო, ისტორიული, გეოგრაფიული და სხვა სახის არაერთი იშვიათი წიგნი. მუზეუმის ეგიდით დაიწყო ქართული სამედიცინო დამწერლობითი ძეგლების მრავალტომეულის –“ქართული სამედიცინო საუნჯე” – გამოცემა.